Die langfristigen Auswirkungen von Impfprogrammen auf den Gesundheitszustand der betroffenen Bevölkerung sind bis heute fast unbekannt - inwieweit diese „Ausrottungsstrategien“ bestimmten Erregern gegenüber (Masern, Kinderlähmung etc.) mittel- und langfristig zwangsläufig zu epidemiologischen Problemen führen werden, ist Gegenstand intensiver und kontroverser Diskussion:
Eine Langzeituntersuchung dänischer Wissenschaftler in Guinea-Bisseau untersuchte 15.000 Kinder über den Zeitraum der ersten beiden Lebensjahre und kam bezüglich des Zusammenhanges zwischen Schutzimpfungen und Kindersterblichkeit zu unerwarteten und irritierenden Ergebnissen (Aaby 2000a):
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